进料加工企业的出口退税流程区别于一般贸易。其核心在于对进口保税料件与国产料件进行核算，以确定实际可予退还的增值税和消费税。此类企业通常采用“免、抵、退”税办法，业务流程环环相扣。
一、前期资质与备案
企业需完成对外贸易经营者备案、海关注册登记、电子口岸入网以及出口退（免）税备案。这是启动出口退税程序的法律基础。
关键备案信息
- 准确选择退税计算方法：通常为“免抵退”。
- 明确进料加工计划分配率或进行年度核销。
二、出口业务的核心流程
企业在进口环节向海关申报进料加工手册，保税进口原材料。加工成品出口后，应从电子口岸系统提交报关单数据，并取得出口货物报关单。向税务部门办理出口退（免）税申报前，需完成出口收汇。
三、单证收集与申报操作
单证管理是退税成功的关键。企业必须确保单证齐全、信息一致且符合时限要求。
必备单证清单
- 出口货物报关单（出口退税联）。
- 进料加工贸易核销后的《进料加工出口货物耗用保税进口料件证明》。
- 出口发票。
- 收汇凭证。
- 与境外方签订的加工合同副本。
企业需在货物报关出口之日的次月至次年4月增值税纳税申报期前，通过电子税务局或离线出口退税申报系统进行正式申报。申报内容需准确计算进口料件组成计税价格，并将其从当期退税基数中予以扣减。
四、进料加工核销的特殊环节
这是区别于一般贸易的核心步骤。企业应在海关办结核销手续的次年，向税务部门申请办理进料加工核销。税务部门将根据企业年度实际进口数据和海关核销数据，调整计划分配率，并据此计算核销应调整的免抵退税额。企业需根据核销结果，对已申报数据进行调整。
五、税务审核与税款退还
主管税务机关受理申报后，会审核单证、匹配报关单和发票信息、核实收汇情况。审核通过后，计算当期免抵税额和应退税额。对于审核无疑点的企业，退税款会按规定程序退至企业账户。
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