企业办理出口退税，通常涉及两个核心的主管部门：国家税务总局主管下的各级税务机关，以及负责海关事务的中华人民共和国海关总署及其各地分支机构。整个流程需要这两个部门协同完成。
核心主管部门：税务机关
出口退税的申请、审核和退库最终由税务部门负责。具体办理的层级根据企业所属地域和类型有所不同。
国家税务总局
国家税务总局是出口退税政策的最高制定和管理机构，但一般不直接受理企业的具体申报业务。
各地税务局进出口税收管理部门
这是企业日常办理出口退税手续最直接的窗口。通常，企业需要向所属行政区划的国家税务局或地方税务局设立的进出口税收管理科、处或分局提交申请。主要职责包括受理出口企业退（免）税备案、审核企业申报的退税数据、办理退库手续等。
- 生产型企业：通常向其主要生产经营地的税务机关办理。
- 外贸企业：一般向其机构所在地的税务机关办理。
关键协作部门：海关
海关部门负责出口货物的通关监管，并出具办理退税必不可少的凭证。
海关总署及各地海关
企业通过海关系统出口货物后，海关会生成关键的出口货物报关单数据，这些电子数据会通过系统直接传输给税务部门。此外，海关出具的出口货物报关单（退税联）是企业进行退税申报时必须提交或核对的纸质凭证之一。
办理手续的主要步骤与对应部门
- 第一步：企业备案。在首次办理退税前，需向主管其税务机关的进出口税收管理部门申请办理出口退（免）税备案。
- 第二步：货物出口。向货物出境地的海关申报出口，完成通关手续。
- 第三步：数据获取。海关将出口信息传输至税务部门，企业从电子口岸或税务系统获取相关报关单数据。
- 第四步：退税申报。企业收集齐备报关单、增值税专用发票、出口收汇凭证等资料后，向主管税务机关提交退税申报。
- 第五步：审核退库。税务机关审核无误后，会将退税款退至企业指定账户。
整个流程中，企业与税务机关打交道最为频繁，海关则是提供关键出口证明和数据来源的部门。部分地区的政务服务大厅可能设有联合窗口，但业务内核仍分属税务与海关两大系统。
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